El Museo del Libro de Covarrubias se ubica en el Archivo del Adelantamiento, un edificio de sillería de piedra del siglo mandado construir por Felipe II en el año 1575. Es un prisma rectangular, marcado por los contrafuertes exteriores y el arco que permite el acceso a la villa medieval. Tiene tres plantas definidas por bóvedas de piedra de medio punto, con ventanas renacentistas, rejería, y un gran escudo en el centro. La traza y el proyecto se deben a Juan de Herrera, y la ejecución a Juan de Vallejo, que aportó detalles platerescos. Fue declarado monumento histórico artístico en 1961, y es un Bien de Interés Cultural.
Su uso como museo del libro continúa su carácter de archivo de importantes documentos. La piedra y el acero empleados en su construcción le dan un carácter de caja fuerte. Está realizado completamente con piedra, excluyéndose la madera con el fin de evitar posibles incendios
que hiciesen perder los valiosos documentos que albergaba. Las plantas primera y segunda eran las cámaras de archivo. Son estancias diáfanas, cubiertas por bóvedas de medio punto de sillería.
La colección de libros y manuscritos tiene su origen en la exposición de facsímiles que la editorial Siloé exhibía en Burgos. El encargo consistía en la ordenación y exposición de la colección, que abarca desde la piedra de Roseta hasta el libro eléctrónico, y en la que destacan sobre todos los libros manuscritos medievales, como los libros de horas, bestiarios, atlas y piezas singulares como el Voynich.
Primeramente hubo que adecuar funcionalmente el edificio. Era fundamental eliminar todo aquello que distorsionaba la percepción original del mismo. Se limpiaron paramentos y bóvedas de cableado, iluminación y mobiliario inadecuados, colocando otros que permitían recuperar la espacialidad de las estancias y sobre todo apreciar las bóvedas de piedra, que transmitían la sensación de estar dentro del cofre de un tesoro en cada sala.
El nuevo mobiliario se basó en las impresionantes contraventanas de planchas de acero de quinientos años de antigüedad que aún se conservaban, destacando por su sobriedad y limpieza. La iluminación se integró dentro del mobiliario. Sobre el gran expositor central se ubicaron los focos que alumbran indirectamente las bóvedas sin que se viese su instalación, eliminando las luminarias colgadas que desvirtuaban el espacio.
Los paneles laterales, reutilizados de la exposición de Burgos, se adhieren a los paramentos, ordenandolos bajo la imposta que define los arranques de las bóvedas de cañón.
El acceso a las salas se realiza mediante una escalera ubicada en el lateral, que se trata como una sala más para hacer más llevadera la ascensión por los los 73 escalones que la componen, culminando el paseo con la escultura de un niño leyendo sentado en la última ventana.